Rapat Umum Anggota (RUA) merupakan forum tertinggi di AOI.
RUA diadakan setiap 3 tahun sekali untuk menetapkan arahan program kerja
dan memilih Dewan Perwakilan Anggota (DPA).
Dewan Perwakilan Anggota (DPA)
DPA adalah badan perwakilan anggota yang dipilih dalam RUA dengan
mempertimbangkan keterwakilan profesi, gender dan wilayah.
Masa kerja DPA adalah selama 3 tahun. DPA AOI periode 2017-2020 adalah:
1. Maya Stolastika, Jawa Timur
2. Indro Surono, Jawa Barat
3. Sisyantoko, Jawa Timur
4. Lidia Naibaho, Sumatera Utara
6. Dian Hastarini, Jawa Tengah
Dewan Kehormatan (DK)
DK bertugas untuk menyusun kode etik perkumpulan dan mengawasi
pelanggaran atas kode etik tersebut. DK juga berkewajiban untuk
melakukan revisi dan atau mereview kode etik yang disampaikan pada
setiap Rapat Umum Anggota (RUA). DK AOI periode 2014 -2017 adalah:
1. Dr.Ir. Toto Himawan, Jawa Timur
2. Sabastian E. Saragih, Yogyakarta
3. YP Sudaryanto, Jawa Barat
4. Komintasari Purba, Sumatera Utara
5. Siwi Hasto,  Yogyakarta
6. Indro Surono, Jawa Barat
Badan Pelaksana Aliansi Organis Indonesia
1. Stevanus Wangsit: Director
2. Miske Mulyawati Tirta : Internal Coordinator
3. Arief Rifali Firman : Fundraising Coordinator, Media and Research Division Staff
4. Nurhaniah Retno Eka : Program Coordinator
5. Era Prasetya Sunarto : Quality Assurance Division
6. Muladiyanto : Market Access Division
6. Nanda Sistia Putri : Finance &Accounting
7. Indah Veranie Pranata : Finance & Administration