Menurut Buku Penerapan Pertanian Organik yang ditulis oleh Rachman Sutanto tahun 2002, pertanian organik merupakan “hukum pengembalian” yang artinya suatu sistem untuk mengembalikan semua bahan organik ke dalam tanah, baik dalam residu atau limbah pertanaman maupun ternak yang selanjutnya bertujuan untuk memberikan makanan pada tanaman.
Filosofi yang pertanian organik adalah mengembangkan prinsip-prinsip memberi makanan pada tanah, selanjutnya tanah memberi makanan pada tanaman, dan bukan memberi makanan langsung pada tanaman. Jika kesehatan tanah terjaga, maka tanaman akan tumbuh subur.
Strategi penerapan pertanian organik dengan cara hara dari kompos, sisa tanaman, dan pupuk kandang dijadikan biomassa tanah, kemudian setelah mengalami proses mineralisasi akan menjadi hara dalam larutan tanah. Unsur hara akan didaur ulang menjadi satu atau lebih tahapan bentuk senyawa organik  sebelum diserap tanaman. Tanaman hanya akan menyerap dalam bentuk ion.
Prinsip-prinsip pertanian organik menurut standar International Federation of Organic Agriculture Movement (IFOAM) ada 4, yaitu: Prinsip Kesehatan, Prinsip Ekologi, Prinsip Keadilan, dan Prinsip Perlindungan. Prinsip Kesehatan menerapkan pertanian organik dengan cara melestarikan dan meningkatkan kesehatan tanah, tanaman, hewan, manusia, dan bumi sebagai satu kesatuan dan tak terpisahkan. Prinsip Ekologi menerapkan pertanian organik pada sistem dan siklus ekologi kehidupan. Prinsip Keadilan menerapkan pertanian organik dengan membangun hubungan untuk menjamin keadilan terkait dengan lingkungan dan kesempatan hidup bersama. Prinsip Perlindungan menerapkan pertanian organik dengan pengelolaan secara hati-hati dan bertanggungjawab untuk melindungi kesehatan dan kesejahteraan generasi sekarang dan mendatang serta lingkungan hidup.
Jenis tanaman yang berpotensi untuk dikembangkan dengan sistem pertanian organik antara lain: tanaman pangan, tanaman perkebunan, dan tanaman hortikultura.